Mariehønens bestyrelse består udover lederen af 7 forældrerepræsentanter valgt blandt forældrene på forældremødet i efteråret samt 3 medarbejderrepræsentanter, valgt blandt de fastansatte medarbejdere. Bestyrelsen mødes 4 til 6 gange årligt hvor de drøfter Mariehønens pædagogiske overordnede principper, budgetter, arrangementer, lærerplaner mm.